Fra det kemiske synspunkt er fondaparinux et syntetisk sulfatpentasaccharid, hvis kemiske struktur er baseret på den aktive del af det ufraktionerede heparin.
På samme måde som andre heparinlægemidler skal fondaparinux administreres parenteralt og især ved subkutan injektion for at fungere. I nogle tilfælde kan den aktive ingrediens imidlertid også administreres intravenøst af specialiseret medicinsk personale.
I Italien findes fondaparinux i et enkelt lægemiddel kaldet Arixrtra®. Lægemidlet er i form af en injicerbar opløsning, der er klar til brug, indeholdt i fyldte sprøjter. For at blive dispenseret kræver denne medicin en recept. kan gentages; da det er klassificeret som et klasse A -lægemiddel, kan dets omkostninger (bestemt høje) godtgøres af National Health System (NHS).
