Afføringens pH -værdi er normalt neutral eller let basisk (6,8 - 7,5). Mere sure afføring, kun fysiologisk hos nyfødte, kan indikere tarminfektioner (Escherichia coli, Rotavirus) eller fordøjelsesforstyrrelser, såsom laktose eller fedtintolerance (steatorrhea på grund af bugspytkirtelinsufficiens eller galde -stasis).
Afføringens pH påvirkes af fagets kostvaner; f.eks. kost, der er for rig på kød og mejeriprodukter, gør afføringen mere basisk. Den forrådnende tarmbakterieflora ødelægger faktisk de aminosyrer, der er undsluppet absorption, og danner giftige og ildelugtende aminer; derfor har fæcesens pH-værdi en tendens til at stige som følge af den øgede produktion af ammoniak. Det er derfor ikke tilfældigt, at en fækal pH, der er for basisk, ledsaget af en reduktion i kortkædede fedtsyrer (se butyrat), har været forbundet med en øget risiko for kolorektal cancer.
Hvis fæcesens pH -værdi har en tendens til at stige i tilstedeværelsen af putrefaktiv dysbiose, har den en tendens til at falde i tilstedeværelsen af fermentativ dysbiose, hvis årsager findes ved overdreven indtagelse af kulhydrater eller ved en dårlig absorption af samme ( cøliaki). Selv i nærvær af et "rigeligt lipidindtag, i vegetarisk kost og ved langvarig faste bliver afføringens pH surt.
For at undgå at forvrænge testresultaterne må afføringen ikke være kontamineret med urin og skal hurtigt nedkøles for at forhindre, at ammoniak og putrefaktive bakterier i urinen gør alkalien i fækal pH.