Den normale funktion af calprotectin er derfor at modvirke udviklingen af bakterier og svampe inde i kroppen (antimikrobiel aktivitet).
I nærvær af en "betændelse i mave -tarmkanalen migrerer de hvide blodlegemer til det og frigiver proteinet, hvis koncentration i afføringen stiger tilsvarende.
Af denne grund kan calprotectin bruges som indikator for betændelse i tilfælde af kroniske tarmsygdomme, nogle infektioner af bakteriel oprindelse eller kræft i fordøjelsessystemet.
Den fækale dosis af calprotectin er den eneste test, der kan give oplysninger om placeringen af betændelsen. Bestemmelsen af parameteren i plasmaet fremhæver derimod en inflammatorisk tilstand, der kan lokaliseres overalt. Endvidere er doseringen af fækal calprotectin et gyldigt indeks for graden af inflammation hos patienter med kroniske inflammatoriske tarmsygdomme (såsom ulcerøs colitis og Crohns sygdom).
; til stede i alle dele af menneskekroppen, er den hovedsageligt koncentreret i cytoplasmaet af neutrofile granulocytter.I lavere koncentrationer er calprotectin også til stede i monocytter og i de makrofager, der stammer fra dem; disse celler, der ligner neutrofiler, er hvide blodlegemer designet til at fagocytisere - derfor at englobere, fordøje og ødelægge - fremmede partikler, der er trængt ind i organismen, herunder mikroorganismer (mod hvilke neutrofiler er mere aktive).
Både neutrofiler og makrofager har evnen til at udskille kemiske mediatorer af det inflammatoriske respons.
Inden for disse immunceller udviser calprotectin høj bakteriostatisk og mykostatisk aktivitet; som sådan modvirker det effektivt væksten af svampe og bakterier.